Theo Đại Việt sử ký toàn thư, sau hơn một năm truyền ngôi cho con là Trần Anh Tông, vào tháng 7 năm Giáp Ngọ (1294), Thượng hoàng Trần Nhân Tông xuất gia tại hành cung Vũ Lâm (Ninh Hải – Hoa Lư – Ninh Bình).
Đến tháng 7 năm Kỷ Hợi (1299), Thượng Hoàng lại rời hành cung Vũ Lâm về Yên Tử tu hành, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà và xưng là Trúc Lâm Đại sĩ.
Sau thời gian tu hành khổ hạnh tại Yên Từ, Ngài xuống núi, đi khắp xóm làng, dạy dân chúng phá bỏ dâm từ và thực hành thập thiện, ban thuốc chừa bệnh cho dân nghèo. Đến tháng 5 năm 1307, Trúc Lâm Đại Sĩ lên tu tại một am trên đỉnh Ngọa Vân. Ngày 01 tháng 11 năm 1308, Ngài an nhiên nhập niết bàn tại am Ngọa Vân. Vị trí nơi ngài nhập Niết Bàn nay là am Ngọa Vân thuộc xã An Sinh và xã Bình Khê, thị xã Đông Triều, tỉnh Quảng Ninh.
Ngọa Vân vốn là tên một đinh núi nằm trên núi Bảo Đài quan năm mây phủ, Ngọa Vân nghĩa mây nằm Đỉnh Ngọa Vân nằm trên núi Bảo Đài thuộc dãy Yên Tử, tức vòng cung Đông Triều. Do nằm trên vòng cung Đông Triều, phía Bắc được che chắn bởi dãy núi cao (Vây Rồng) nên khi hơi ẩm từ biển thổi vào, bị núi Vây Rồng chặn lại ngưng tụ thành mây, khiến cho sườn núi phía Nam của núi Vây Rồng, trong đó có đỉnh Ngọa Vân quanh năm mây phủ, tạo nên khung cảnh mờ ảo, pha chút huyền bí. Vì vậy, nơi đây được gọi là Ngọa Vân. Đỉnh núi Ngọa Vân nơi Trần Nhân Tông dựng am, gọi là Am Ngọa Vân (am mây nằm hay am mây ngủ). Đình Ngọa Vân được đọc và viết theo âm Hán Việt là Ngọa Vân Phong, nên chùa Ngọa Vân, Am Ngọa Vân cũng được gọi là Chùa Vân Phong, am Vân Phong.
Di tích Ngọa Vân là một quần thể chùa tháp lớn được bố tri thành 03 lớp trên núi Bảo Đài. Lớp cao nhất là: bàn cờ tiên, am – chùa Ngọa Vân thượng và khu am tháp Phật hoàng; Lớp thứ 2 là chùa Ngọa Vân trung năm cách chùa thượng về phía Tây Nam 200m; Lớp thứ 3 là những di tích còn lại phía dưới chân núi bao gồm 04 cụm và 15 điểm di tích khác nhau như. Thông Đàn, Đô Kiệu, Đá Chồng, Ba Bậc, Tàn Lọng, Cửa Phủ.
Lớp cao nhất là khu vực có am – chùa thượng, khu am tháp Phật Hoàng và bàn cờ Tiên. Để ca ngợi cảnh đẹp nơi đây, người xưa đã có câu
Phiên âm: Vạn cổ linh tự
Tứ thời cảnh sắc
Dịch thơ: Muôn thủa chùa linh ứng
Bốn mùa cảnh sắc tươi
Kiến trúc am – chùa Ngọa Vân từ thời Trần có quy mô nhỏ, quay hướng Tây Nam. Đến thế kỷ 15, vào thời Lê sơ khi Nho Giáo là quốc giáo khu vực này không được quan tâm nên đã xuống cấp nghiêm trọng. phải đến thời Lê Trung Hưng, Phật giáo hưng thịnh trở lại, chùa chiền, am tháp được các tầng lớp quý tộc quan tâm và tạo dựng khang trang. Nổi bật là năm Đinh Hợi (1707) niên hiệu Vĩnh Thịnh, Ngọa Vân được trùng tu lớn nhất. thời kỳ chống Pháp, khu vực này bị giặc đánh phá hư hỏng nặng và đổ nát. Cho tới năm 2002 am-chùa Ngọa Vân thượng mới được khôi phục lại như ngày nay. Kiến trúc còn lại ngày nay tập trung tại 2 cấp nền
Cấp nền số 1:
Là sân chùa thượng, thấp hơn nền chùa 3m. Có 2 tháp Phật giáo dạng hoa sen băng đá khá lớn là Phật hoàng tháp và Đoan Nghiêm tháp. Hai tháp được kết cấu bằng đá, chất liệu đá gạo, đá bán laterit (đá ong). Mặt bằng hình vuông gồm 1 tầng bệ, 2 tầng thân và phần chóp tháp hình quả hồ lô.
Phật Hoàng tháp nằm ở phía Tây cấp nền, được Pháp Loa cho xây dựng từ thời Trần, là nơi lưu giữ xá lỵ của Phật hoàng Trần Nhân Tông. Đến thời Lê Trung Hưng (TK 18) tòa bảo tháp do Pháp Loa xây dựng đã bị đổ nát. Năm 1707 thiền sư Đức Hưng (hiệu là Viên Minh) đã cho trùng tu xây mới. Phía trước tháp có tượng voi đá và bia đá lập từ năm Minh Mệnh 21 (1840). Trong lòng tháp đặt 1 bài vị bằng đá xanh, chạm nổi mười bảy chữ Hán “Nam mô đệ nhất tổ Trúc Lâm Đầu Đà Tĩnh Tuệ Giác Hoàng Trần triều đệ tam Nhân Tông Hoàng đế Điều Ngự vương Phật (Nam mô a di đà phật. Bài vị thờ Điều Ngự Vương Phật Đầu Đà Tĩnh Tuệ Giác Hoàng, tổ thứ nhất phái Trúc Lâm, vua thứ 3 triều Trần, Hoàng đế Nhân Tông).
Đoan Nghiêm tháp nằm ở phía Đông cấp nền là tháp mộ của Thiền sư Đức Hưng người đã có công cùng với Triều đình từ TK18 cho trùng tu, xây dựng lại Ngọa Vân. Trong lòng tháp đặt 1 bài vị bằng đá xanh, bài vị chạm nổi mười bảy chữ Hán “Nam mô Thiền Lâm thích tử ma ha tì kheo Đức Hưng Thiền sư an tọa hạ” (Nam mô a di đà phật. Bài vị thờ ma ha tì kheo đệ tử phái Thiền Lâm, Thiền sư Đức Hưng).
Cấp nền số 2:
Am Sơn Thần: Nằm phía đông cấp nền số 2, cách nhà Tổ khoảng 10m về phía đông. Am Sơn Thần là kiến trúc mặt bằng hình chữ Nhật, diện tích 9m2, mái vòm bằng gạch, hồi phía Nam mở một cửa, trên cửa đắp nổi 1 cuốn thư trong đắp nổi 3 chữ Hán “Thiên Sơn Từ” tức là nơi thờ các vị thần núi. Hai cột bên có đôi câu đối bằng chữ Hán ca ngợi vùng đật nơi cảnh Phật cõi tiên bốn mùa cảnh sắc tươi tốt
“Tứ thời cảnh sắc tân
Vạn cổ am linh tự
Tạm dịch: “Muôn thủa chùa linh ứng
Bốn mùa cảnh sắc tươi”
Chùa Ngọa Vân thượng – hay còn gọi là chính điện
Chùa có kiến trúc chữ Nhất được khô phục lại trên nền kiến trúc cũ vào năm 2000, có diện tích 50m2. Ba gian lợp ngói, tường xây bằng đá, hai bên cửa chùa có đôi câu đối: “Vạn vật vô tội – Họa tại nhân tâm” để nhắc nhở con người và thể hiện một phần tư tưởng nhân văn “lấy chỉ thẳng tâm người, thấy tánh thành Phật” của Phật Hoàng Trần Nhân Tông trong phải thiền Trúc Lâm Yên Tử
Nằm phía Tây cấp nền số 2 và cao hơn cấp nền này 2,5m là Am Ngọa Vân – nơi đặt tượng đức vua Phật Hoàng Trần Nhân Tông với dáng nằm mô phỏng Phật nhập Niết Bàn
Am Ngọa Vân: Am được xây bằng gạch, mái cuốn vòm bằng gạch. Hồi phía Nam mở một cửa ra vào, trên đề 3 chữ Hán “Ngọa Vân Am” tức là Am Ngọa Vân. Theo truyết thuyết khi Phật Hoàng nhập Niết Bàn ngài nằm ở tư thế sư tử trên một tảng đá lớn, tảng đá là nơi Phật Hoàng nhập Niết Bàn được gọi là đá Niết Bàn, chùa Ngọa Vaanm hai tòa tháp, bia đá. Do vậy, Am Ngọa Vân hiện nay có thể đã xây tại nơi vốn làn vị trí của đá Niết Bàn nơi Phật Hoàng nhập Niết Bàn
Nơi cao nhất khu vực này là bàn cờ Tiên – là dấu vết của tịnh thất khi xưa. Chùa trung, tịnh thất và ngọn tháp bút (nằm ở Thông Đàn 1) nằm trên một trục đường thẳng, đó là trục thần đạo của chùa Ngọa Vân
Lớp thứ 2:
Lớp thứ hai của khu di tích Ngọa Vân – chùa Ngọa Vân trung nằm ở vị trí trung tâm sườn núi phía Nam của núi Bảo Đài (vây Rồng) ở độ cao trung bình 588m – 644m so với mực nước biển
Năm 2014, được sự quan tâm của các cấp, ngành và sự phát tâm công đức của đông đảo các tầng lớp nhân dân. Dự án trùng tu xây dựng lại chùa Ngọa Vân trên nền chùa cũ đã được khởi công và khành thành vào ngày 09 tháng giêng năm 2016
Chùa được xây dựng theo lối kiến trúc kiểu chữ Nhị (mô phỏng theo lối kiến trúc chùa Ngọa Vân được xây dựng vào thời Lê Trung Hưng năm 1707). Chùa gồm 02 tòa, phía trước là tòa Tiền đường nơi đặt tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông được chế tác bằng đá ngọc bích đỏ. Phía sau là Hậu đường có kiến trúc ba gian hai chái. Trung tâm là Ban Tam Bảo, hai bên là 2 thị giả của Nhà Phật: Phổ Hiền Bồ tát và Văn Thù Bồ tát. Ngoài cùng bên trái là Ban Đức Thánh Hiền và ngoài cùng bên phải la Ban Đức Ông.
Lễ hội xuân Ngọa Vân được diễn ra từ ngày 09 tháng Giêng và kéo dài đến hết tháng ba âm lịch hàng năm. Với nhiều nghi lễ quan trọng như: lễ cầu quốc thái dân an, lề giải hạn đầu năm, đặc biệt là lễ khai hội xuân Ngọa Vân. Lễ hội xuân Ngọa Vân mang đậm tính chất tâm linh và nhân văn sâu sắc, nhân dân du xuân đầu năm, rước lộc cầu may, cầu cho một năm mới an khang, thịnh vượng.
